Das Bundesamt für Bauwesen und Raumordnung untersteht der Fachaufsicht durch das Bundesministerium des Innern, für Bau und Heimat. Für Bauangelegenheiten im Geschäftsbereich des Bundesministeriums der Verteidigung untersteht es dessen Fachaufsicht. Bei der Erledigung von Aufgaben aus einem anderen Geschäftsbereich als dem des Bundesministeriums des Innern, für Bau und Heimat nach § 2 Abs. 5 untersteht das Bundesamt den fachlichen Weisungen der sachlich zuständigen obersten Bundesbehörde, soweit diese nicht baufachlicher Art sind.