Das Bundesamt für Bauwesen und Raumordnung untersteht der Fachaufsicht durch das Bundesministerium für Verkehr, Bau- und Wohnungswesen. Bei der Erledigung von Aufgaben aus einem anderen Geschäftsbereich als dem des Bundesministeriums für Verkehr, Bau- und Wohnungswesen nach § 2 Abs. 5 untersteht das Bundesamt den fachlichen Weisungen der sachlich zuständigen obersten Bundesbehörde, soweit diese nicht baufachlicher Art sind.